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根据以上职责,楚雄州环境保护局设4个职能科(室):
（一）办公室
1、协助局领导进行综合、协调、督促、检查、服务工作；
2、负责全州环保会议组织和环保综合性会议文件起草工作；
3、负责管理印章、文电收发、档案、保密、保卫、信访、车辆调度等工作；
4、拟定机关各项工作制度并监督执行；
5、负责起草机关年度工作计划、总结和报告，检查工作计划执行情况；
6、负责机关财务管理和国有资产管理工作；
7、负责局机关和直属事业单位经费的划拨，负责专项经费及社会集团购买力和专控商品计划的申报工作；
8、会同有关部门编制全州环保基础设施建设计划；
9、参与编制楚雄州可持续发展规划；
10、组织编制环境保护中、长期规划和环境统计年报；
11、负责管理机关人事、劳动工资、职工福利和医疗保险等工作；
12、负责直属事业单位科技人员、技术工人管理和职称评审工作，指导直属单位的工资管理工作
（二）污染管理开发科
1、负责管理大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品、电磁辐射及机动车尾气等污染防治工作；
2、组织实施开发建设活动环境影响评价、“三同时”（指污染治理设施和建设项目主体工程必须同时设计、同时施工、同时投入使用）、排污收费、排污许可证、污染限期治理、污染集中控制、城市环境综合整治、政府环境保护目标责任制等环境管理制度；
3、拟定全州污染物排放总量控制计划并组织实施；
4、调查处理我州重大环境污染事故、生态破坏事件和环境污染纠纷；
5、开展环境保护设施运行情况和污染源达标排放的监督管理工作；
6、监督检查重点工业污染源；
7、监督管理乡镇企业污染防治工作；
8、组织编制环境功能区划；
9、统一监督管理全州电磁辐射环境保护工作；
10、负责推行清洁生产。
（三）自然保护科
1、负责监督管理全州自然生态保护工作；
2、组织编制全州生态保护区区划、规划；
3、拟定自然保护区管理规章；
4、组织自然保护区的列级评审；
5、参与编制全州生态环境保护纲要和建设规划；
6、负责全州自然保护区的统一监督管理；
7、组织拟定生物多样性保护计划；
8、监督管理各种影响生态环境的资源开发活动和重要生态环境建设；
9、管理生物技术环境安全；
10、组织和协调全州重点流域水污染防治工作；
（四）宣传法规科
1、负责环境保护方针、政策、法律和法规的宣传教育；
2、组织拟定本辖区内地方环境保护规章和办法，并监督实施；
3、指导全州环境管理体系和环境标志认证工作；
4、组织环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；
5、组织开展全州环境保护执法检查；
6、负责全州环境保护法制监督和环境执法稽查工作；
7、拟定环境保护宣传教育提纲，组织开展环境保护宣传教育活动，推动公众和非政府组织参与环境保护；
8、编制环境保护科研计划，管理环境保护科技成果；
9、参与推动环保产业发展的有关工作。
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